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DNA旋转酶(DNA Gyrase),经常简称为旋转酶,是一种II类的拓扑异构酶(Type II Topoisomerase)(EC编号5.99.1.3),它的酶作用底物为ccc型环状DNA(Covalently Closed Circular DNA),作用是加入负超螺旋(Negative Supercoil)或松弛正超螺旋(Positive Supercoil)。旋转酶可以让DNA形成一个环状的结构(拓扑学上来说是一个正超螺旋的环环状的结构),通过切开一段DNA并让另一段DNA通过形成一个负超螺旋的环状结构。在这个过程中环绕数(Linking Number)减少了2(从正超螺旋Lk=+1到负超螺旋Lk=-1,ΔLk=-2)。

旋转酶的酶学模型


依据现今提出的酶学模型(如图) Gore J, Bryant Z, Stone MD, Nollmann M, Cozzarelli NR, Bustamante C, Analysis of DNA Gyrase Using Rotor Bead Tracking", Nature 2006 Jan 5 (Vol. 439): 100-104. 旋转酶和cccDNA接合(G片段)形成Gyrase-DNA复合体;DNA被切开,但是形成的两段DNA末端的磷酸和旋转酶上的酪氨酸形成磷酸酯键,化学能被保留,这个过程不需要ATP;旋转酶将和G片段相邻的一段DNA(T片段)通过G片段的切开处,引入负超螺旋,这个过程消耗两个ATP,称为DNA的易位(DNA Translocation),喹诺酮抗生素(Quinolones)阻碍这一步酶促反应;当DNA易位完成,切开的DNA的末端的羟基(3'-OH)攻击于旋转酶酪氨酸相结合的磷酸重新形成磷酸二酯键,这个过程不需要ATP,DNA-螺旋酶复合体回到图示的Gyrase-DNA复合体状态,螺旋酶可以脱离DNA或进入下一个引入负超螺旋的过程。

旋转酶的生物意义


细菌的染色体质粒大多为环状,在DNA的转录复制时有严重的拓扑问题(Topological Problem),因为在转录或复制时在聚合酶的前端会产生正超螺旋(根据拓扑学公式:Lk=Tw+Wr,解开双螺旋减少会使Tw,Lk在环状DNA没有打开的情况下不会改变,所以Wr一定增加)。产生的正超螺旋,当达到某种程度时会产生张力阻碍DNA双螺旋的解旋进而阻碍DNA的转录或复制。所以旋转酶和拓扑异构酶IV(Topoisomerse IV,属于II类拓扑异构酶,只松弛正超螺旋)必须引入负超螺旋或松弛正超螺旋来保证转录和复制正常进行。

针对旋转酶的抗生素


旋转酶只存在于细菌中,并没有在真核细胞发现这种酶,所以很多抗生素如喹诺酮类抗生素和新生霉素都以这个酶作为目标。喹诺酮类抗生素包括萘啶酸(Nalidixic acid)和诺氟沙星(Norfloxacin),很早就被用于治疗,但是直到发现旋转酶才明白它的作用机理:它们不阻碍旋转酶切开DNA链,但是阻碍DNA易位,DNA不能重新连接而使DNA形成碎片,起到杀菌的作用。

参考书籍


DNA | EC 5.99.1 |

Gyrase | Gyrase | ADN girasa

 

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