O microscópio eletrônico é um microscópio com potencial de aumento muito maior que o óptico. Foi inventado em 1932 e vem sendo aperfeiçoado desde então. A diferença básica entre o microscópio óptico e eletrônico é que neste último não é utilizada a luz, mas sim feixes de elétrons. No microscópio eletrônico não há lentes de cristal e sim bobinas, chamadas de lentes eletromagnéticas. Estas lentes ampliam a imagem gerada pela passagem do feixe de elétrons no material e projetam-na sobre uma tela, onde é formada uma imagem de pontos mais ou menos brilhantes, semelhante à de um televisor em branco e preto. Não é possível observar material vivo neste tipo de microscópio. O material a ser estudado passa por um complexo processo de desidratação, fixação e inclusão em resinas especiais, muito duras, que permitem cortes ultrafinos obtidos através das navalhas de vidro do instrumento conhecido como ultramicrótomo. Existem três tipos de microscópio eletrônico básico:o de transmissão que é usado para a observação de cortes ultrafinos, o de varredura ou M.E.V(capaz de produzir imagens de alta ampliação) para a observação de superfícies e por fim o de tunelamento ou M.E.V.T para visualização de átomos.

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