Filogenia ou filogênese descreve a origem e a evolução das espécies. A tarefa principal dos filogenistas é determinar os relacionamentos ancestrais entre espécies conhecidas (tanto as que vivem quanto as extintas).

Na parte final do século XIX, a teoria da recapitulação, ou a lei biogenética de Haeckel, foi amplamente aceita. Esta teoria foi expressa como a " a ontogenia recapitula a filogenia", isto é, o desenvolvimento de um organismo reflete exatamente o desenvolvimento evolucionário das espécies. Esta teoria perdeu apoiantes no início do século XX por ser incompatível com a evolução e com a genética, estabelecidas por Charles Darwin e Gregor Mendel, respectivamente.

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