Os dinoflagelados (divisão Pyrrophyta, segundo os botânicos, ou filo Dinoflagellata (Dinoflagellata - do grego "dinos" - rodopiante) para os protozoologistas) são um grande grupo de protistas flagelados. A maior parte das espécies pertencem ao plâncton marinho, mas são também comuns em água doce.
São, geralmente, divididos entre as classes Dinophyceae, Noctiluciphyceae e Syndiniophyceae.
Muitas destas espécies têm capacidade fotossintética e formam o maior componente do fitoplâncton depois das diatomáceas. Algumas, as zooxantelas são endosimbiontes de animais ou protistas marinhos e têm um importante papel na biologia dos corais. Algumas espécies não têm aquela capacidade e são predadores de outros protistas, havendo ainda espécies parasitas. Por isso há uma controvérsia entre botânicos e zoólogos, que não chegam a um consenso sobre a classificação científica dos dinoflagelados. Os botânicos os consideram algas, e os zoólogos protozoários.
A maioria dos dinoflagelados são formas unicelulares com dois flagelos diferentes: um flagelo longitudinal, orientado sgundo o eixo da célula, e um flagelo transversal que rodeia a célula. Em muitas espécies, estes flagelos encontram-se em sulcos: o longitudinal chamado sulcus e o transversal, cingulum. É o flagelo transversal que provoca a maior parte do movimento da célula, geralmente em forma de hélice, donde provém o nome destes seres (dinos, em grego, significa, rodar).
Têm sido encontrados com frequência quistos fossilizados de dinoflagelados desde o período Triássico (de há 200 milhões de anos), mas já se encontraram do Siluriano (400 milhões de anos) e pensa-se que alguns dos antigos acritarcas com uma idade de 1,8 biliões de anos, também representem dinoflagelados.
Estas características, em conjunto com recentes estudos genéticos, levaram a juntar este filo com os Apicomplexa e ciliados num clade denominado Alveolata.
Os cloroplastos, nas espécies que os possuem, são rodeados por três membranas e podem ainda possuir um núcleo celular, sugerindo que eles possam ser derivados de uma “alga” endosimbionte. Os pigmentos são tipicamente as clorofilas a e c e ainda fucoxantina, que são pigmentos apemnas encontrados nos Chromista (como as diatomáceas). Os dinoflagelados têm uma forma peculiar de núcleo celular, denominado dinokaryon, em que os cromossomos se encontram ligados à membrana nuclear, não possuem histonas e mantêm-se na fase condensada durante a interfase, em vez de apenas durante a mitose, que ocorre sem o desaparecimento da cariomembrana: o fuso acromático é formado por microtúbulos que atravessam o núcleo. Os dinoflagelados têm maior quantidade de DNA no seu núcleo que qualquer outro eucarionte, de tal forma que o núcleo por vezes ocupa metade do volume da célula. Um indivíduo pode ter entre 12 e 400 cromossomos no seu núcleo.
Este tipo de núcleo foi considerado uma forma intermédia entre a “região nuclear” dos procariontes e o “verdadeiro” núcleo dos eucariontes e foi apelidado mesocariótico, mas actualmente pensa-se que esta característica foi adquirida por evolução, não sendo um carácter “primitivo”.
Muitos dinoflagelados são haplóides, e se reproduzem principalmente por fissão binária, mas a reprodução sexuada também ocorre, através da fusão de dois indivíduos que formam um zigoto, que pode manter-se na sua forma típica, ou enquistar e, mais tarde, sofrer meiose e produzir novas células haplóides.
No entanto, nem todos os florescimentos de dinoflagelados são desagradáveis: nos mares tropicais, podem por vezes apreciar-se, em noites escuras, lindas cenas de luzes à superfície da água e, por vezes, mesmo na rebentação, causadas por dinoflagelados bioluminescentes, de entre os quais o mais famoso é o Noctiluca, que se pode ver a olho nu.
Devido à sua complexa parede celular, composta de vesículas achatadas, os alvéolos, em conjunto com recentes estudos genéticos, levaram a juntar este filo com os Apicomplexa e ciliados num clade denominado Alveolata.
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