醗酵 (はっこう) とは、一般に菌類(酵母など)や、細菌(乳酸菌など)といった、微生物の働きにより糖などが分解され、アルコールや有機酸、炭酸ガスを生成する過程をいう。(「醗」が常用漢字に含まれていないために 発酵 とも書かれる。) 醗酵は酸化の一例でもある。
仕組みは腐敗と同じであるが、特に人間にとって有用な場合に限って「醗酵」と呼ぶ。広義には醗酵も腐敗に含まれる。
時に、菌の作用によるものではないものも醗酵と呼ばれる。茶の半醗酵、完全醗酵は、茶の葉に含まれる酵素による酸化醗酵である。
米(コメ)が麹と酵母によって日本酒になったり、酵母によってパン生地の中の小麦粉が分解されてできた炭酸ガスで生地が膨れたりするなどの現象を指す。
最も広く見られるのは、アルコール醗酵を利用した酒など、いわゆるアルコール飲料の製造である。ほぼ世界中に見られ、多様な素材を用いて様々な製造法が行われている。
食品を醗酵させて作る場合もある。醗酵作用を利用した食品は世界各地に見ることが出来る。一般に醗酵食品と呼ばれるものは、保存食として作られることが多いが、中には猛毒であるフグの卵巣を、醗酵作用を通して食用可能にした河豚の卵巣の糠漬けのような醗酵食品もある。
くさや、鮒寿司、納豆 などはアミンや硫化物、アンモニアなどの刺激臭が強いため、これを悪臭と感じる人が多く、好き嫌いがはっきり分かれる食品である。
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