微生物(びせいぶつ)とは、肉眼でその存在が判別できず、顕微鏡などによって観察できる程度以下の大きさの生物をさす。
微生物は原核生物(真正細菌、古細菌)のみならず真核生物(藻類、原生生物、菌類、粘菌)、ウイルスや、ワムシのようなごく小型の動物も含まれる。なお、菌類などでは、肉眼的なコロニーを作るものであっても、カビのように、その体の構成単位が顕微鏡的大きさであるものは、微生物として扱われる。
他方、微生物学では、ほとんど細菌類の意味に使われる傾向がある。
ロバート・フックは、自作の顕微鏡で細胞を観察しているが、微生物を観察することはできなかったようである。アントニー・ファン・レーウェンフックの手製、単レンズの顕微鏡観察によって最初に指摘された。彼は様々な微生物を観察し、その姿や大きさについてかなり正確に報告しているが、その報告を元に、微生物を観察できたものも少なかったようである。
カビの場合、大きいものは背丈が10cm、コロニーの直径はさらに大きなものがあるが、多くのものでは、その基本構造である菌糸や胞子形成部は1mm以下であり、やはりその構造を知るには顕微鏡が必要になる。
小さい方では、細菌の細胞は1-数ミクロン、リケッチアなどにはさらにその数分の1のものがあり、細胞構造を保つ生物としてはこのあたりが最小であろう。
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