プロテスタントは、宗教改革運動を始めとして、カトリック教会(または西方教会)から分離し、特に福音主義を理念とするキリスト教諸派の総称である。ただし、聖公会(英国国教会)は教義上はプロテスタントだが、儀式・礼拝はカトリックという独自の立場から特に教会一致運動に寄与している。
カトリック教会はそれに属する全ての教会が、中央である教皇庁(バチカン)によってまとめられており、東方正教会は基本的には国や地域ごとに教団は複数に分かれているものの、同じ教義・典礼を共有し、連合体として存在している。これに対し、プロテスタントは特定の教派・教団を指す名称ではなく、神学や教義解釈がそれぞれ異なる多数の教派(主にカトリックから分裂した教派、もしくはそこから更に分裂した教団)を総称して呼んでいるに過ぎず、よってプロテスタントという教派(宗派)は存在しない。主にカトリック分離組を源流としており、東方正教会からの分離組を指す事はない。また、同じ教派でも法人としての教団は更に分かれている事も多い。例:~ルーテル教団、ルーテル~教会、○○ルター派××教団(法人が別なだけでなく、交流すらないケースもある)これは移民や宣教によって成立母体が異なる場合や、教義の解釈によって分裂が起きることに起因する。
なお、現在のキリスト教の女性観は一部教派を除き、基本的には男女平等だが、カトリックは男女ともに不完全で合わせて十全になるものとし、プロテスタントは男女それぞれが完全な人格として女性の独立を前提とする傾向がある。
1524年 - 1525年、農民の不満を背景に、急進派トマス・ミュンツァー率いる武装農民が蜂起し、これに対してルター派の諸侯らと激く衝突、多くの犠牲が生じたいわゆるドイツ農民戦争が勃発した。1529年にルター派の諸侯や都市が神聖ローマ帝国皇帝カール5世に対して宗教改革を求める「抗議書(プロテスタティオ)」を送った。そのためこの派は「抗議者(プロテスタント)」と呼ばれるようになった。
ルターらは洗礼と聖餐以外の教会の諸秘跡を排し、聖書に立ち返る福音主義を唱え始め、また西方教会ではそれまでほとんどラテン語でのみ行われていた典礼や聖書をドイツ語化するなど、著しい改革を行った。このため次第にルター派は北ドイツからドイツ全体へ広まり、その信者は増加していった。
ルターは信仰義認という教理を提唱した者としてよく知られている。ルター派の特に信仰義認に対して、カトリック教会のトリエント公会議などにより排斥される。その結果として別個の教派を築くこととなった。
宗教抗争は政治権力抗争ともからみ、ドイツ地域の内乱状態は30年間続いた。内乱終結のアウグスブルグの和議(1555年)により、プロテスタントもカトリック教会と同様に信教の自由の地位を保証されることとなる。ルター派は北方に広まり、デンマーク・スウェーデン・ノルウェーで国教となった。
ドイツ改革とほぼ同時期に、スイスでも宗教改革運動が起こった。カトリック司祭のフルドリッヒ・ツヴィングリは聖書のみ、信仰のみという教理を展開し、彼の弟子たちから幼児洗礼を否定し再洗礼を認めるアナバプテスト派が生じ、後に改革派からも排斥されることになる(ウェストミンスター教会会議)。また、ツヴィングリは、聖餐論においてルター派と対立することになる。
内乱状態の後を受けて、ジャン・カルヴァン(発音上カルビンとも言われる)が登場し、彼はツヴィングリを受け継いでスイスにおける宗教改革の指導者となる。カルヴァンは新しい教会の組織制度として長老制を提唱した。大陸におけるカルヴァン派の教会が改革派と呼ばれ、英国系のカルヴァン派の教会が長老派(その後アメリカへ)と呼ばれる。また、カルヴァンは予定説(二重予定説)を提唱し、カルヴァン派で受け継がれ、カルヴァン主義とも呼ばれる。予定説も、ルター派と同じくトリエント公会議で排斥の対象となる。カルヴァン派は、混乱から社会を救うため、宗教と政治、教会と国家を明確に機能区分することを提唱する。また一般市民の信仰生活に対して、世俗職業を天職(神の召命)とみなして励むこと、生活は質素で禁欲的であること等を説き、これが勃興期の資本主義の精神と適合したといわれる。カルヴァン主義は、西方のフランス・オランダ・イギリス・アメリカへ広がった。後に、オランダ改革派から、このカルヴァン主義からの思想が非聖書的であると唱え、カルヴァン主義の予定説に反対し、ヤーコブス・アルミニウスとその後継者によってレモンストラント派(アルミニウス派)が現れる。1610年、改革派はドルト会議にて、アルミニウス派を異端として排斥する。このアルミニウス派の思想は、後にメノナイト派、ジェネラル・バプテスト派(普遍救済主義のバプテスト)、メソジストのウェスレー派などに継承されることになる。 現在各教団の神学の基本思想としてカルヴァンかアルミニウスかの2極に分かれる傾向がある。
16世紀末頃、英国国教会の内部において、ピューリタンと呼ばれる改革派教会の方向へ改革を求める人々が現れた。更にこの改革運動を急進的にし、国教会から非合法に教会を建てようとする者らが現れ、彼らは分離派と呼ばれる。ピューリタンおよび分離派は、国教会の特に監督制に反対し会衆制を主張した。分離派は、国教会から分離せずに内部から教会改革を志すピューリタンに対しても、偽りの教会に属するとして相互聖餐を拒否していた。英国の分離派の思想は、ロバート・ブラウン(Robert Browne)に始まったとされる。これがやがて、ジェネラル・バプテスト派の母教会の牧師ジョン・スマイス (John Smyth) に受け継がれる。スマイスはジェネラル・バプテスト派の創始者トマス・ヘルウィス (Thomas Helwys) に恩師として影響を与えた。ただし、当時ウォーターランド派メノナイトとの合併を考えていたスマイスが、ヘルウィスに対して具体的にどれだけの影響を与えたかは、教理史的議論の決着がなされていない。またパテキュラー・バプテスト派は、元英国国教会司祭であったヘンリー・ジェイコブ牧師により発足した非分離派会衆主義教会から、より分離派的教会を求めて離脱した者ら数十名が、再洗礼を行って教会を新設したことにはじまったとされる。
18世紀、英国のオックスフォード大学内でジョン・ウェスレーが指導するグループから始まった運動が、英国全土にメソジスト(方法論者)という名で広がるようになった。そして、この運動はアメリカに渡ったが、独立戦争が始まる際に一部英国に帰国することとなった。1784年アメリカに残ったメソジスト宣教師らを監督教会として認める25箇条のメソジスト憲章が定められる。1845年、米国のパティキュラー・バプテスト派は、奴隷問題と国外伝道政策に関する見解の相違で北部バプテスト同盟(現在の米国バプテスト同盟)と南部バプテスト連盟とに分裂する。この頃、米国メソジスト教会にも同様の分裂が起こるが、やがて分裂は終結する。19世紀後期のアメリカのメソジスト系統からホーリネス派が起こり、これを基盤にペンテコステ派が起こる。さらにペンテコステ派によるペンテコステ運動は他教派におよび、聖霊派として知られている。また、カリスマ派はペンテコステ派から起こるが、WCCに加盟したことにより、エキュメニズムに反対するペンテコステ派から排斥される。聖霊派は聖霊体験を強く主張し、一部の聖霊派は他教団から異端視された事があったが、それらは強力な聖霊体験を絶対視する教理や、牧師が圧倒的にカリスマ的に成りすぎる傾向からあると言われている。現在韓国ホーリネス教団は伝統ある教団であるにもかかわらず、現在も異端視される傾向にある。(異端指定撤回発表2004年韓国キリスト教連合会)
同じく18世紀、アメリカで再臨運動が起こり、この運動に参加する信徒は再臨派(アドベンチスト派)と呼ばれた。
19世紀に入り再臨運動がさらに活発化すると幾つもの再臨派系教派がここから分裂、組織化した。その中でもエレン.G.ホワイトらが活発に活動し、日曜ではなく、イエスが当時守っていた日が土曜日であった事実と、旧約律法通りでもある土曜を礼拝日とするSDA(セブンスデー・アドベンチスト教会)が出現した。(しかしセブンスデー・バプティスト派が歴史が長い。アドベンチスト教団は彼らから教理を得たとされる)
{セブンスデー教とエホバの証人を同じ教理を持つ教団かの様な書き方が正確でありません。アドベンチスト派の再臨思想はホーリネス派から、霊魂条件不在説は再洗礼派からです。地獄否定説も聖公会からです。エホバの証人との再臨思想と地獄否定説とは由来が違います。ここの内容が正確でないため、削除願います。---セブンスデー・アドベンチスト大総会より}
1990年代より一部の教派が提唱するセカンド・チャンス論というものがある。生前キリストを信じなかった者、知らなかった者は死後すぐに地獄や天国に行かず、黄泉よみ(陰府)に行き、そこで猶予および救いのセカンドチャンス(福音を信じる機会)を与えられるというもので、解釈の違いは賛否両論を呼んでいる。しかしこの教義は、未信者は死後自動的に地獄に行くとの教えは誤訳であること、また裁きは神に主権があることを示し、間違った理解をただす目的でなされたものであるが、いまだキリスト教界で誤解されている。
社会学などで研究、議論の対象となるヨーロッパの近代化は、プロテスタントによって担われたものだとする説がある。
その最も有名な説はマックス・ウェーバーによる『プロテスタンティズムの倫理と資本主義の精神』に展開されたもので、清教徒など一部のプロテスタントが労働者としては合理的に効率性、生産性向上を追求する傾向を持っていたことを指摘している。ウェーバーによれば、プロテスタントの教義上、現世における成功は神の加護の証であるということになり、プロテスタントは与えられた仕事を天職のように考えてそれに打ち込むことで自分が神に救われる者のひとりである証を確認しようとしたという心理があるという。
また、ダニエル・ベルは『資本主義の文化矛盾』で、このような合理主義の精神が、芸術におけるモダニズムの運動と共に、近代社会のあり方を規定した主要因であったとする。また、1960年代以降、消費社会と結びついたモダニズムの影響力が拡大し、プロテスタンティズムに由来する近代の合理主義を脅かしているとも診断する。
プロテスタントと近代の関わりについてはもうひとつ、異なる側面を扱った説があり、やはり広く知られている。教会に赴いて他の教徒と一緒に説教を聞いたり、歌うことによって信仰を実践していたカトリックに対して、プロテスタントは当初、個々人が聖書を読むことを重視した。集団で行う儀式に比べて読書は個人中心の行動であるため、一部の論者はこれを近代社会に特有な個人主義と結び付けて考える。
理解を助けるため、プロテスタント以外の教派からカトリックと東方正教会(文中では「正教会」)、またプロテスタントを自称しない聖公会にも言及する。
*聖公会は本来プロテスタントとは自称しないが、西方教会における諸教派の一つとして挙げておく。
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