Origin of Species title page.jpg種の起源(しゅのきげん、"The Origin of Species")とはチャールズ・ダーウィンにより1859年11月24日に出版された進化論についての論文である。
『種の起源』の中では、「evolution」ではなく、「Descent with modification」という単語を使っている。自然選択、生存競争、適者生存などの要因によって、常に環境に適応するように種が分岐し、多様な種が生じると説明した。生物がもつ性質は、個体間に違いがあり、親から子に伝えられ、環境の収容力が繁殖力よりも小さいため生まれた子のすべてが生存・繁殖できず、性質の違いに応じて次世代に子を残す期待値に差が生じるので、有利な変異が保存され進化が起こるとした。生物の地理的分布や性淘汰についても説明した。当時は DNA や遺伝の仕組みについては知られていなかったので、変異や遺伝についてはうまく説明できなかった。また進化を進歩とは違うものだと認識し、特定の方向性がない偶然の変異による機械論的なものだとした。ダーウィンは進化の概念を多くの観察例や実験による傍証などの実証的成果によって、進化論を仮説の段階から理論にまで高めたのである。
しかしながらダーウィンが唱えた、進化は漸進的に起こり不連続性や大きな飛躍はないという考えや、自然淘汰が進化を引き起こす主要な原動力であるとする考えに関しては、その後の集団遺伝学や分子生物学から、否定的な知見が得られている。
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