La filogenesi è l'origine dei gruppi di organismi per discendenza comune con modificazioni. Il diagramma che mostra i rapporti filogenetici tra specie o gruppi superiori si chiama albero filogenetico. Linee filetiche discendenti dallo stesso ramo si dicono gruppi monofiletici, pertando il gruppo verrà detto monofiletico.Se tale gruppo non comprende tutti i discendenti del progenitore ancestrale verrà detto parafiletico. Sono diverse le metodologie ed i criteri logici con la quale viene effettuata la categorizzazione filogenetica e viene costruito un albero. Il criterio forse più usato, soprattutto in passato è quello della massima parsimonia, soprattutto a livello morfologico. Tuttavia oggi vengono utilizzate diverse altre metodologie, soprattutto in modo integrato, dalla fenetica alla filogenesi molecolare, la quale ha grandissima importanza non solo a livello microrganismico, ma anche negli animali superiori, basti pensare al grandissimo utilizzo dei marcatori come l'rRNA mitocondriale oppure i geni codificanti la tubulina nel determinare rapporti a moltissimi livelli tassonomici.
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