Il concetto di specie è alla base della classificazione degli organismi viventi, trattandosi del livello tassonomico obbligatorio gerarchicamente più basso. La scelta di un criterio univoco ed universale per identificare le specie è però difficile. Tuttavia si può ovviare alle difficoltà quando si considera attualmente la specie come l'unità tassonomica fondamentale. Esistono, perciò, vari concetti utilizzati: cioè la specie può essere, tipologica, morfologica, biologica e cronologica.
Una concezione più moderna è quella della specie fenetica, che applica algoritmi di analisi delle similitudini e dei caratteri comuni, rendendo questa metodologia in grado di analizzare anche esseri inanimati. Utile per i fossili, anche questa definizione non tiene conto delle relazioni filogenetiche tra i rami evolutivi e le specie.
Qui, nella figura annessa, si consideri che i generi citati sono da considerare specie morfo-cronologiche, quindi indagabili statisticamente per la loro variabilità.
Sicuramente due organismi per appartenere alla stessa specie devono condividere caratteristiche di base e numerose particolarità, talora prive di importanza adattativa (caratteri meristici).
Poiché ci si trova spesso di fronte a varie popolazioni apprezzabilmente differenziate, la creazione di specie separate o la loro unificazione in una sola specie, a causa del polimorfismo, dipende dalla esperienza dei ricercatori che valutano la diversità intra e extra-specifica.
La definizione attualmente più utilizzata è quella del russo Dobzhansky e del tedesco Mayr, basata sulla capacità di organismi cospecifici di incrociarsi e dare prole fertile. Benché funzioni nella maggior parte dei casi, questo criterio non si applica o lascia dubbi nei casi di:
In pratica si individuano le specie basandosi su criteri gestiti dall'esperienza e dal buon senso. Dal punto di vista dell'evoluzione, per l'idea darwiniana, la formazione di una specie è spesso un fenomeno graduale al contrario di quanto pensava Linneo, secondo il quale le specie naturali erano imperfette materializzazioni di idee immutabili ben distinte. Per i paleontologi le specie possono anche avere comparsa improvvisa e lunga stasi evolutiva (vedi equilibri punteggiati di Gould e Eldredge).
Sulla sostanziale arbitrarietà di un qualsiasi tipo di classificazione è chiara la posizione di Darwin (L'origine delle specie, cap.2 "La variazione in natura"):
* io considero il termine specie come una definizione arbitraria che, per motivi di convenienza, serve a designare un gruppo di individui strettamente simili tra di loro, per cui la specie non differisce granché dalla varietà, intendendosi con questo termine le forme meno distinte e più fluttuanti. Inoltre, anche il termine di varietà viene applicato arbitrariamente per pura praticità nei confronti delle semplici variazioni individuali.
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