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Le muffe sono un tipo di funghi pluricellulari, capaci di ricoprire alcune superfici sotto forma di spugnosi miceli e solitamente si riproducono per mezzo di spore.

E' comunemente chiamata muffa un agglomerato di questi sottili miceti, formatisi su materia vegetale o animale, generalmente come uno strato schiumoso o filamentoso, come segno di decomposizione e marcescenza. Nella tassonomia e nella filogenia le muffe non costituiscono un gruppo preciso, trovandosi nelle divisioni Zygomycota, Deuteromycota e Ascomycota.

La presenza di muffa è quasi sempre segno di un cibo avariato, anche se in alcuni casi le muffe sono oggetto di una coltivazione precisa; nella produzione di alcuni formaggi come il gorgonzola, e per la produzione di antibiotici derivati dalle naturali difese contro i batteri.

Le numerose spore rilasciate dalle muffe non causano alcun danno negli uomini, ma le ife che crescono da queste spore possono aderire alle cellule del primo tratto dell'apparato respiratorio e causare problemi in chi ha delle insufficienze immunitarie.

La famosa scoperta della penicillina, operata da Alexander Fleming, riguardava la muffa denominata Penicillium notatum. La muffa Neurospora crassa è generalmente usata come un organismo modello in esperimenti di biologia. La muffa costituisce un problema in aree chiuse come cantine e bagni, e in modo più grave dopo le alluvioni. Può essere vista su muri e soffitti, con una crescita che non si ferma a uno strato superficiale, intaccando la robustezza della parte e producendo peraltro un odore pungente e caratteristico (l'odore di muffa). E' capace di crescere sul cibo non fresco e mantenuto in posti non ventilati, soprattutto all'interno di contenitori stagni e persino nei frigoriferi e nei freezer.

Le spore della muffa formatasi all'interno degli edifici crea un problema, soprattutto riguardo all'inalazione delle spore. Le spore di alcune muffe, infatti, causano potenti allergie (in quanto allergeni); inoltre, le spore di alcuni funghi come lo Stachybotrys rilasciano potenti tossine che, nei polmoni, creano infiammazioni e lesioni polmonari, specie nei bambini.

Negli ambienti, la presenza di muffa può significare che qualcosa non va: una scarsa esposizione solare (spesso la muffa è uccisa dalla luce diretta del sole), un'eccessiva umidità (dal sottosuolo per un mancato isolamento, o dal tetto per delle infiltrazioni), mancata ventilazione o una scarsa manutenzione dei mobili in essi contenuti (alcune muffe si cibano del legno, specie quelle che si depositano negli angoli dietro ai mobili).

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