Il lisosoma è una vescicola contenente enzimi idrolitici che si attivano a pH 5. È formato dalla fusione di vescicole idrolasiche del Golgi con endosomi. Nelle vescicole idrolasiche del Golgi (o lisosomi primari) sono già presenti gli enzimi litici, ma il pH non è sufficientemente acido perché questi si attivino. Quando si fondono con gli endosomi, i quali sono dotati di pompe protoniche sulla propria membrana che mantengono acido il pH, gli enzimi vengono attivati e si forma il vero e proprio lisosoma. Esso è ricco di enzimi digestivi in grado di degradare molecole e strutture presenti all'interno della cellula nei loro costituenti elementari per poi, quando possibile, venire riutilizzati in altro modo o essere espulsi.
Il lisosoma, infatti, può degradare macromolecole come proteine, lipidi e carboidrati o anche molecole estranee ingerite dalla cellula; attraverso questo stesso processo i globuli bianchi sono in grado di "disfarsi" di microrganismi patogeni o cellule morte precedentemente fagocitate. La membrana del lisosoma, a parte la pompa protonica, contiene proteine di trasporto per portare nel citosol i prodotti della digestione e grandi quantità di glucidi legati a lipidi o a proteine della faccia non citosolica come protezione. Il lisosoma si forma per gemmazione dall'apparato di Golgi che provvede anche alla selezione degli enzimi litici.
Un particolare tipo di lisosoma è il proteasoma.
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