La clorofilla è un pigmento naturale presente nei grani dei cloroplasti delle cellule vegetali, o negli organismi procarioti che realizzano la fotosintesi clorofilliana. Negli eucarioti sono presenti due diverse tipologie, la clorofilla a, che assorbe soprattutto la luce blu-violetta e rossa, e la clorofilla b, che assorbe la luce blu ed arancione. Altri pigmenti minoritari sono i carotenoidi, che assorbono la luce verde-blu. Le piante appaiono verdi, poiché le lunghezze d'onda del verde sono le meno assorbite dalle piante. La clorofilla degli eucarioti è leggermente diversa. Le molecole di clorofilla a e b con i carotenoidi sono racchiuse nei tilacoidi dei grani a gruppi di 200-300 molecole. Quando la luce li colpisce, essa permette l'eccitazione dei pigmenti e il passaggio di un elettrone di una specifica molecola di clorofilla ad un accettore primario. Il complesso di clorofilla a e accettore è chiamato centro di reazione, che unito ai pigmenti prende il nome di fotosistema. Esistono due tipi di fotosistemi: il fotosistema I o P700, e il fotosistema II o P680.

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