La biologia molecolare è la parte della biologia che studia gli esseri viventi a livello dei meccanismi molecolari alla base della loro fisiologia, concentrandosi in particolare sulle interazioni tra le macromolecole, ovvero proteine e acidi nucleici (DNA e RNA). Per biologia molecolare si intendono spesso una serie di tecniche che consentono la rilevazione, l'analisi, la manipolazione, l'amplificazione (PCR) e la copia (clonaggio) degli acidi nucleici.
Anche altri campi della biologia sfruttano le tecniche della biologia molecolare e concentrano la propria attenzione al livello di interazioni molecolari, in modo diretto, come la biologia cellulare e la biologia dello sviluppo, oppure indiretto, come l'evoluzionistica, la biologia di popolazioni e la filogenetica.
Il campo della biologia molecolare si interseca anche con altre discipline non biologiche: per esempio con l'informatica per l'elaborazione dell'enorme mole di dati che vengono prodotti con tecniche ad high throughput o con la fisica nello studio delle biomolecole a livello di struttura tridimensionale (biologia strutturale).
Alcuni esperimenti negli anni '30 e '40 fornirono le basi su cui la disciplina sarebbe poi nata: nel 1935 si collegò per la prima volta l'ereditarietà ai cromosomi. Il trasferimento di tratti somatici tra ceppi batteri fu correlato al DNA nel 1943 nell'esperimento di Avery (a sua volta basato sul risultato del famoso esperimento di Griffith). Infine nell'esperimento di Hershey-Chase del 1953 fu dimostrato che il DNA è il materiale genetico.
La nascita della biologia molecolare si può però far risalire alla scoperta della struttura del DNA da parte di James Watson e Francis Crick. L'esperimento di Meselson-Stahl nel 1958 dimostrò il meccanismo di replicazione del DNA. Poco dopo il codice genetico fu decodificato dal gruppo di Crick.
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