השוטון (Flagellum) הוא התארכות של קרום התא, הכולל כפולות של מיקרוטובולי מקבילים באורך 55 מיקרומטר. בבני אדם משמש השוטון לתנועת הזרע.
השוטון הוא איבר דמוי שוט אשר אורגניזמים חד-תאיים רבים, וכמה רב-תאיים, משתמשים בו לתנועה. השם הוא שם כולל לשלושה מבנים שונים, המצויים בכל אחת מהממלכות העיקריות בעולם הטבע. בחיידקים אמיתיים השוטון ומקטעים סליליים מסתובבים כמו בורג. בחיידקים קדומים המנגנון דומה, אך מכיל הבדלים רבים ולכן חושבים שאינו הומולוגי. בחיידקים איקריוטיים השוטון הוא מנגנון מורכב של הרחבות תאיות לכיוונים שונים. אלה נקראית לעיתים סיליה (cilia) או אונדוליפודיה (undulipodia) על מנת להדגיש את השוני.
בחיידקים האמיתיים מסוגלים מרכיבי השוטון להרכיב שוטון באופן ספונטני, ללא אנזימים נוספים. בנייה הדרגתית של השוטון מתבצעת על-ידי הוספת יחידות בקצהו.
מספר השוטונים והסידור היחסי שלהם משתנה בין מינים שונים של חיידקים. חיידקים בעלי שוטון בודד נקראים Monotrichous וחיידקים בעלי מספר שוטונים - Lophotrichous. בחיידקים מסוימים קיים שוטון אחד מכל צד, תכונה המאפשרת להם כיוון לשני צדדים (אצל חיידקים אלה שוטון אחד פעיל בכל זמן נתון והם נקראים Amphitrichous. חיידקים ששוטוניהם מכוונים לכל הכיוונים קרויים Peritrichous.
Flagellum | Flagellum | Flagelo | Flagelo | Flagelle | 鞭毛 | Zweepstaartje | Flagelo | Flagell | 鞭毛