Les zygomycètes constituent, avec les trichomycètes les deux classes des Zygomycota l'une des cinq divisions des champignons actuellement reconnues. De taille le plus souvent microscopique, ce sont des champignons à spores dépourvues de flagelles, dans lesquels les cellules ne sont pas séparées par des cloisons, leurs hyphes étant cœnocytiques ou siphonnés. Ils doivent leur nom à leur mode de reproduction sexuée, qui se fait par isogamie avec formation de zygospores (du grec ancien zugos = couple). Ces champignons sont également caractérisés par une abondante reproduction asexuée, et une croissance rapide qui leurs permettent de coloniser rapidement leur milieu.

On distingue trois grands ordres de Zygomycètes :

• Les Mucorales : parfois parasites de l'Homme (agents de zygomycoses), ce sont le plus souvent des moisissures, dans bien des cas précieux auxiliaires de l'industrie chimique ou pharmaceutique. Quelques genres : Mucor (nombreuses espèces dont le poil de chat des fromages), Absidia, Rhizopus.
• Les Endogonales : abondants dans les sols, ils vivent en symbiose avec de nombreuses plantes supérieures.
• Les Entomophthorales : parasites de plantes et d'animaux.
• Les Glomales étaient précédemment placés dans les Zygomycota, ils sont aujourd'hui renommés Glomerales et sont classés dans la division des Glomeromycota.

Dans les Trichomycètes, on trouve les Harpellales (parasites), les Kickxellales (saprophytes) et les Dimargaritales (parasites) qui présentent des septae avec des pores particuliers, les pores lenticulaires.

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