Le terme « procaryote » (du grec pro, avant et caryon, noyau) est d'abord une référence à une structure cellulaire particulière, sans noyau ni autres organites, et s'opposant à la structure eucaryote.
Les procaryotes forment ainsi un taxon, regroupant des êtres vivants dont les cellules ont la structure procaryote. Ces organismes possèdent des enzymes localisés dans la paroi cellulaire et se multiplient par scissiparité (division asexuée). Ce taxon s'oppose aux eucaryotes, cette division du vivant en deux « genres » étant la plus fondamentale (cf. les règnes du vivant). Le taxon des procaryotes n'est pas considéré comme monophylétique : les organismes à structure cellulaire procaryote sont classés en archéobactéries ou eubactéries, et on considère que l'un ou l'autre de ces taxons a une origine commune avec les eucaryotes. Les premiers procaryotes étaient peut-être déjà présents lors de l'Éoarchéen (ère de l'Archéen), soit il y a plus de 3 600 Ma.
L'étude des procaryotes est en fait celle des bactéries. Elle s'est surtout développée au , avec les travaux de Louis Pasteur en France et de Robert Koch en Allemagne. Le terme « procaryote » trouve toute sa signification dans les années 1950, lorsque le microscope électronique montre l'absence de noyau vrai dans la cellule.
Les procaryotes possèdent une paroi cellulaire (polypeptides, polysaccharides) et un ADN circulaire unique. Contrairement aux cellules eucaryotes, cet ADN n'est pas associé à d'autres protéines. Les procaryotes possèdent également des plasmides.
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