Historiquement, une pharmacopée est un ouvrage encyclopédique recensant les plantes officinales contenant une drogue à effet thérapeutique. De nos jours, le terme désigne en général un recueil à caractère officiel et réglementaire des médicaments autorisés dans un pays ou dans un groupe de pays. Il existe des pharmacopées nationales, comme la pharmacopée française, et des pharmacopées internationales, comme la pharmacopée européenne, publiée par le Conseil de l'Europe, et celle publiée au niveau mondial par l'OMS. On appelle aussi, par métonymie, « pharmacopée » l'ensemble des médicaments, souvent des plantes, utilisés dans une région ou à une époque donnée. On parle ainsi de pharmacopée traditionnelle.
Le terme dérive du grec pharmakopoiia, l'art de préparer les médicaments.
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