La paléopathologie (du grec παλαιός (palaios) « ancien », πάθος (páthos) « passion, manie, maladie » et λόγος, logos « mot, explication, étude théorique ») est une branche de la médecine spécialisée dans l'étude des maladies et des évolutions dégéneratives observées dans le passé.
Il s'agit d'une discipline jeune pour laquelle n'existe encore aucun enseignement spécifique : les paléopathologues se forment en analysant les restes humains, soit dans le cadre d'un enseignement médical d'anatomie pathologique ou de médecine légale, soit dans celui d'un enseignemment de biologie spécialisée (anthropologie préhistorique ou paléoanthroplogie). Comme ce fut le cas pour l'égyptologie, la paléopathologie a été créée au début par des chercheurs isolés qui ont développé méthodes et techniques et constitué peu à peu une nouvelle branche scientifique.
Les matériels d'études sont soit des restes de cadavres (en général dents et ossements, parfois squelettes entiers ou momies), soit plus rarement des matériaux divers en relation plus ou moins étroite avec l'état de santé ou les blessures subies par les individus.
Parmi les examens pratiqués directement sur les restes humains, on distingue les méthodes invasives et les méthodes non-invasives, ces dernières ne nécessitant pas de prélèvements directs sur le matériel pour éviter que la découverte soit endommagée.
Parmi les examens s'intéressant à d'autres matériaux, on peut citer l'examen des matières fécales conservées dans les latrines du Moyen Âge ou dans les coprolithes (déjections fossilisées) pour expliquer, par exemple comment les intestins ont été infestés par des parasites.
Le matériel nécessaire à ces examens se limite à quelques cellules appartenant à l'os compact ou, si les conditions de conservation sont favorables, à d'autres tissus.
La recherche se concentre actuellement sur l'examen d'ADN anciens qui livreront peut-être des explications sur les maladies infectieuses. Dans ce domaine, une maladie comme la peste par exemple a pu être identifiée sur des squelettes du haut Moyen Âge en Bavière. Des infections parasitaires comme le paludisme on pu aussi être prouvées. Cependant les agents pathogènes infectieux ne laissent pas tous des traces génétiques détectables dans les matériels anciens : jusqu'à maintenant, par exemple, la biologie moléculaire n'a pu apporter la preuve de la syphilis.
À l'avenir, les maladies génétiques seront elles aussi probablement détectées par cette méthode.
Les informations rassemblées sur chaque individu sont utilisées pour reconstituer ses conditions de vie et ses maladies. Il est rare cependant que l'on puisse être formel sur la cause des anomalies observées. Par exemple l'origine des troubles carentiels ou du ralentissement de la croissance est souvent multifactorielle (maladies, malnutrition ou dénutrition). Ces données doivent donc s'intégrer dans une vue d'ensemble en même temps que les données anthropologiques (âge de décès, sexe) et archéologiques (lieu de l'enterrement, construction d'une tombe, offrandes funéraires etc.) pour reconstituer les conditions de vie en général et parfois les différences qui pouvaient exister à l'intérieur d'une même société. On a pu ainsi établir que des catégories particulières de la population (hommes, femmes, pauvres ...) étaient plus exposées que d'autres à certaines affections. Par exemple, l'augmentation du nombre des caries lorsque les tombes sont richement équipées suggère que les personnes qui vivaient le mieux matériellement disposaient aussi d'une nourriture de meilleure qualité (une farine moulue plus finement favorise les caries, sans parler de l'abus des desserts et autres plats sucrés).
La Paléopathologie apporte aussi une contribution importante à la connaissance de l'histoire des maladies. Dans le domaine de l'épidémiologie, on a pu prouver sur des ossements qu'une forme atténuée de syphilis existait dans l'Ancien Monde avant l'arrivée des européens en Amérique. Dans le domaine thérapeutique, il est possible de savoir comment on traitait les maladies autrefois (voir Histoire de la médecine). La pratique des trépanations depuis le Mésolithique est peut-être l'exemple le plus connu.
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