En su sentido más general, la taxonomía (del griego ταξις, taxis, "ordenamiento", y νομος, nomos, "norma" o "regla") es la ciencia y el arte de la clasificación. Por lo general se emplea el término para designar la taxonomía biológica, esto es, la clasificación de los seres vivos en ταξα (taxa) o taxones que describen jerárquicamente las relaciones de parentesco, y similitud, entre organismos.
Las normas aplicadas para la clasificación de los seres vivos, y la clasificación misma, han sufrido muchos cambios desde su primera formulación por Linneo. El número de especies conocidas y descritas se multiplicó, hasta el actual de 1.750.000, que no deja de crecer. La especialización de los taxónomos, desconocida en los tiempos de Linneo, condujo a la larga a cierto grado de alejamiento entre las normas aplicadas a los animales (sobre los que rige el Código Internacional de Nomenclatura Zoológica) y a plantas y hongos (Código Internacional de Nomenclatura Botánica, que trata de diferente manera a los dos grupos mencionados). De la misma forma los bacteriólogos, que se habían atenido al código botánico, desarrollaron los suyos propios; y lo mismo hicieron los virólogos (estudiosos de los virus).
Para quienes son ajenos al estudio de la diversidad biológica o a su gestión, el esfuerzo y el rigor que hay detrás de las tareas de la Taxonomía parecen sólo una manía coleccionista. Sin embargo el avance de la Biología en todos sus apectos está muy ligado a la utilización del método comparativo, que es inaplicable cuando los organismos no están bien identificados y designados. Los nombres científicos en latín son la clave de acceso a un inmenso cuerpo de información, dispersa en muchas lenguas y procedente de muchos campos de la Biología. Actualmente se debate sobre la urgencia de formalizar de manera equivalente la nomenclatura de los genes o las proteínas.
Linneo introdujo la obligación de utilizar como criterio clasificatorio las afinidades de las especies (clasificación natural). Cuando irrumpió la teoría de la evolución pronto se admitió, tal como formuló el propio Darwin, que el grado de parentesco (filogenia) debía ser el criterio para la formación de los grupos. El desarrollo de nuevas técnicas y de la propia metodología del análisis filogenético está produciendo cambios sustanciales en las clasificaciones al uso, obligando a deshacer grupos de larga tradición y definir otros nuevos. Las aportaciones más significativas proceden de la comparación directa de los genes y de los genomas.
Un ejemplo de taxón es el orden Primates. En esta expresión “orden” especifica la categoría o rango taxonómico del grupo, más amplio que el de familia y menos amplio que el de clase. “Primates” es el nombre en latín específico del grupo o taxón indicado. El orden Primates está subordinado a la clase Mammalia (mamíferos), e incluye diversas familias como la familia Cebidae (cébidos, las monas americanas) o la familia Hominidae (homínidos, nuestra propia familia).
Una lista de las categorías taxonómicas generalmente usadas incluiría el dominio, el reino, el subreino, el filo (o división, en el caso de las plantas), el subfilo o subdivisión, la superclase, la clase, la subclase, el orden, el suborden, la familia, la subfamilia, la tribu, la subtribu, el género, el subgénero y la especie. Dentro de la especie se distinguen aún subespecies y variedades o razas.
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