El núcleo original de la ciudad fue el campamento fortificado o ribat construido por el sultán almohade Abd al-Mumin en 1150, aprovechando una alta pared rocosa que domina la desembocadura del río. El lugar fue base para incursiones almohades en la Península Ibérica y fue bautizado como Ribat al-Fath o Campamento de la Victoria.
En 1198 su nieto Yaqub al-Mansur proyectó la construcción de una gran ciudad que se extendía sobre más de cuatrocientas hectáreas, rodeada de imponentes murallas con grandes puertas y sobre la que debía erigirse la mezquita más grande del Mágreb, la de Hasan.
En 1260 el rey español Alfonso X de Castilla conquistó e incendió a la ciudad.
La ciudad no llegó a albergar el gran número de habitantes para la que fue construida, y desde el fin del imperio almohade a finales del siglo XIII hasta el siglo XVII su importancia decreció considerablemente. De este periodo data la necrópolis de Chellah, situada extramuros de la ciudad.
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A partir de 1610 en Rabat y la vecina Salé se instalaron numerosos refugiados moriscos expulsados de España, lo que revitalizó la ciudad. En la fortaleza de los Udaia, la parte más antigua de la ciudad, se instaló la práctica totalidad de la población del pueblo extremeño de Hornachos, que durante mucho tiempo mantuvo su idioma y de la que quedan numerosas huellas.
Durante algunas décadas, Rabat (conocida en Europa como Salé la Nueva) y Salé conformaron la llamada República de las Dos Orillas, dedicada fundamentalmente a la actividad corsaria contra barcos cristianos. Terminó en 1666, al ser tomado el estuario por los alauíes, dinastía que gobernaría Marruecos en lo sucesivo. Salé mantuvo la actividad corsaria hasta 1829.
En 1912 el mariscal Lyautey eligió Rabat como capital administrativa del Protectorado Francés.
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