Der Zweite Frieden von Thorn wurde am 19. Oktober 1466 zwischen dem Deutschen Orden und dem Königreich Polen unter der Führung von Kasimir dem Jagiellonen geschlossen. Er beendete den Dreizehnjährigen Krieg (1453-1466), in den auch die Hansestädte einbezogen gewesen waren. Nach dem Scheitern lübeckischer Vermittlungsversuche in den Jahren 1463/64 durch Bürgermeister Castorp wurde im Jahre 1466 intensiver verhandelt unter Vermittlung des des päpstlichen Legaten Rudolf von Rüdesheim, Bischof von Lavant. Als einer der Vermittler zwischen den kriegsführenden Parteien wirkte auch der polnische Diplomat und Chronist Johannes Longinus.

Als Konsequenz wurde die Macht des Deutschen Ordens endgültig gebrochen. Das Ermland, Pomerellen, das Kulmer Land, Michelau an der Drewenz sowie das Land um Marienburg, Stuhm und Christburg unterstellten sich der Krone Polens. Hinzu kamen die bereits 1454 abgefallenen Städte Danzig, Elbing und Thorn. Das Bistum Ermland wurde autonomes Fürstbistum, das Bistum Kulm der geistlichen Jurisdiktion des Erzbischofs von Gnesen unterworfen. Das Restgebiet, das spätere Herzogtum Preußen, blieb dem Orden, es wurde aber Lehen der polnischen Krone, und der Hochmeister des Deutschen Ordens musste dem polnischen König Heerfolge und einen Treueid leisten. Damit wurde er automatisch in den Rang eines polnischen Senators im königlichen Rat ernannt. Das vom Orden abgetretene Gebiet wurde auch nicht vom polnischen Staat inkorporiert, sondern mit der Krone Polens in einer rechtlich nicht klar definierten Union verbunden. Die Sonderstellung des „Königlichen Preußen“ gegenüber der Krone zeigte sich in der Aufrechterhaltung seiner Sonderrechte wie z. B. eigener Landtag, eigene Landesregierung, eigene Münze, eigene diplomatische Vertretungen der großen Städte.

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