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Als Zapfen bezeichnet man den verholzten, ährigen und weiblichen Blütenstand der Nadelholzgewächse und der Erlen.

Charakteristisches Merkmal der Nadelholzgewächse sind die im reifen Zustand verholzten Zapfenschuppen. Man unterscheidet Deckschuppen und Frucht- oder Samenschuppen. Auf letzteren sitzen die frei liegenden Samenanlagen (siehe Nacktsamige Pflanzen) und später die Samen.

Die Zapfen sitzen in unterschiedlicher Weise an den Zweigen der verschiedenen Nadelbaumarten. Bei der Tanne stehen sie aufrecht, bei der Fichte hängen sie, bei der Schwarz-Kiefer stehen sie waagerecht von den Zweigen ab.

Manche Zapfen, etwa die der Tanne, fallen in der Zeit der Samenreife auseinander, so dass man auf dem Boden keine ganzen Tannenzapfen findet. Bei anderen Nadelhölzern fallen die Zapfen als Ganzes vom Baum, so bei der Fichte und Kiefer. Zuvor haben diese Zapfen aber am Baum ihre Schuppen geöffnet, um die geflügelten Samen zu entlassen.

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