Der Begriff Segen (v. althochdt.: segan Rückbildung aus segnen, lat. signare mit dem Zeichen Kreuzes versehen) bezeichnet in der Religion das Aussprechen einer wohlmeinenden Formel oder eines Gebetes. Der Segen ist mit Gebärden verbunden (z.B.: Handauflegung, Segensgestus, Ausbreiten der Hände), die das wohltätige Wirken Gottes an der gesegneten Person oder der gesegneten Sache symbolisieren sollen (s. Segenszeichen). Segen ist dabei lebensfördernde Kraft. – Das Gegenteil des Segens ist der Fluch.
Im weiteren Sinne wird das Wort Segen heute auch verwendet, um die Freude über ein Geschenk oder eine Situation zu beschreiben. ("Dieses Kind ist ein Segen Gottes für uns.")
Ein Segen als symbolische Reinigung stand im Mittelalter höher als die physische Reinigung. Wenn Mäuse ins Weinfass gefallen waren, konnte der Segen eines Priesters den Wein reinigen. Dahinter stand die Auffassung, dass Reinheit sich nicht herstellen lässt, sondern stets als Gnade empfangen wird. Gegen die Vorstellung unangreifbarer symbolischer Reinheit setzte sich erst im 19. Jahrhundert die Machbarkeit und Messbarkeit der Reinheit durch (siehe Geschichte der Hygiene).
Der weitgehende Ersatz des Segens durch technische Machbarkeit bedeutete einen fundamentalen Wandel der westlich-zivilisierten Gesellschaft. Ein ganz anderes, aus religiöser Sicht aber analoges Beispiel ist der Vollzug der Ehe ohne kirchlichen Segen.
Im katholischen, orthodoxen und lutherischem Christentum wird ein Segen meist mit der Geste des Kreuzes vollzogen und oft mit der Besprengung mit Weihwasser unterstützt (vgl. Asperges).