In das deutsche Schiffsregister werden Seeschiffe eingetragen, die berechtigt oder verpflichtet sind, die deutsche Bundesflagge zu führen.

Die Bundesflagge können alle Seeschiffe führen, deren Eigner deutsche Staatsbürger sind und ihren Wohnsitz in Deutschland haben (bei juristischen Personen, wenn Deutsche die Mehrheit im Vorstand oder in der Geschäftsführung stellen). Der deutsche Eigentümer eines Seeschiffes ist verpflichtet, das Schiff im Seeschiffsregister eintragen zu lassen, wenn die Rumpflänge des Schiffes 15 m übersteigt. Kürzere Schiffe können eingetragen werden, wenn der Eigentümer es wünscht.

Auch in anderen Ländern werden entsprechende Schiffsregister, die allesamt öffentlichen Glauben genießen, geführt. Insbesondere aus Kostengründen nutzen auch deutsche Reeder häufig die Möglichkeit, eigene Schiffe unter ausländischer Flagge mittels Eintragung in ein ausländisches Schiffsregister fahren zu lassen. Bekannt für eine solche Ausflaggung sind insbesondere Länder wie Griechenland, Liberia und Panama, aber auch einige Karibikstaaten.

Der Schiffsregistereintrag dient zum Nachweis, wer der Eigentümer ist. Ferner kann ein Schiff wie ein Grundstück durch eine Schiffshypothek belastet werden. Zur Sicherheit der Gläubiger werden die Belastungen im Schiffsregister eingetragen. Voraussetzung der Eintragung ist die amtliche Vermessung des Schiffes durch das Bundesamt für Seeschifffahrt und Hydrographie.

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