Die Phylogenese (griechisch φυλογένεση, ein Kompositum aus φῦλον, neugriechische Aussprache: fílon - der Stamm, das Geschlecht und γéνeσiς, neugriechische Aussprache: jénnissi - die Geburt, Entstehung) ist die Stammesentwicklung der Lebewesen (biologische Evolution) im Verlauf der Erdgeschichte.
Der Begriff ist nicht nur auf die Evolution von Tierstämmen begrenzt sondern schließt die Entwicklung von Taxa auf allen Ebenen der Systematik ein. Er wird auch benutzt, um die Evolution einzelner Merkmale im Verlauf der Entwicklungsgeschichte zu charakterisieren.
Die Erforschung der Phylogenese erfolgt insbesondere durch
Ein wissenschaftstheoretisches Problem der Phylogeneseforschung ist, dass die der Phylogenese zugrundeliegenden Evolutionsprozesse in der Regel nicht direkt beobachtet oder experimentell nachvollzogen werden können. Daher müssen Belege aus verschiedenen Bereichen herangezogen werden, um einigermaßen stimmige Stammbäume rekonstruieren zu können. So kommt es häufiger zu unterschiedlichen Auffassungen, wie beispielsweise die Diskussion um die Einteilung verschiedener protostomer Tierstämme in Häutungstiere (vorwiegend genetisch begründet) oder Articulata (vorwiegend morphologisch begründet) zeigt.
Bei der Bewertung von Merkmalen ist es oft wichtig, Homologien von Analogien zu unterscheiden.
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