Mineralisierung ist der Abbau organischer Verbindungen vorwiegend durch Mikroorganismen oder Destruenten zu anorganischen Stoffen (Kohlendioxid, Wasser sowie Oxiden, Hybriden oder Mineralsalzen). Die Mineralisierung ist von großer Bedeutung für die Freisetzung von Nährstoffen beim Um- und Abbau im Boden befindlicher organischer Stoffe wie etwa Ernte- und Wurzelrückstände, Stallmist, Gründüngung, Laub usw., und die Rückführung in den Nährstoffkreislauf. Die Höhe der Mineralisierungsrate hängt von der Anzahl der Bodenorganismen, der Temperatur, dem pH-Wert und der Feuchtigkeit des Bodens sowie von der zur Verfügung stehenden organischen Masse ab.

Naturfremde Substanzen hingegen werden nur selten vollständig und schnell mineralisiert, meist lassen sich entsprechende Molekülbruchstücke der naturfremden Substanzen im Humus nachweisen. Die Mineralisierung ist auch bedeutend für die Selbstreinigung von Gewässern, Vorflutern und für die biologische Stufe von Kläranlagen (Abwasserreinigung), wo organische Stoffe durch Mikroorganismen mineralisiert werden.

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