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Der Versuch, den Menschen eine eigene Familie zuzuteilen, entspringt vorwiegend seinen geistigen und kulturellen Besonderheiten. Auch wenn er sich in diesen Dimensionen sehr weit von seinen Verwandten entfernt hat, ist er doch vom Körperbau nichts anderes als ein „nackter Affe“. Der psychoanalytische Blickwinkel in der jüngeren Diskussion um das Phänomen der Instinktreduktion, sieht entsprechend auch hinsichtlich der „Psyche“ (Spektrum der angeborenen Bedürfnisse) keinen besonderen Unterschied zu den Schimpansen; die Differenz könnte somit primär auf das artikulierte Sprach- und höhere Bewusstseinsvermögen des Menschen reduziert werden.
Weitaus größere Meinungsunterschiede bestehen darin, ausgestorbene, nur durch Fossilienfunde bekannte Gattungen einzuordnen und Unterfamilien zu erstellen. Zum einen sind Fossilfunde dürftig (so wurden beispielsweise von Gigantopithecus bislang nur Kieferteile und Zähne gefunden), zum anderen steht die kaum zu beantwortende Frage im Raum, wo die Grenze zwischen subhumanen (Vormenschen) und humanen (Echte Menschen), das fehlende Glied (missing link), liegt.
Eine mögliche Aufteilung der Familie sieht folgendermaßen aus: Der Orang-Utan wird meist in eine eigene Unterfamilie Ponginae gestellt, während Gorilla, Schimpansen und Mensch eine zweite Unterfamilie mit Namen Homininae bilden. (Manchmal wird der Gorilla auch in eine eigene Unterfamilie, Gorillinae, gestellt). Die Schimpansen bilden den Tribus Panini, während der Mensch und seine Vorfahren, früher als Hominidae bezeichnet, den Tribus der Echten Menschen (Hominini) bilden. Diese teilen sich wiederum in zwei Subtriben: die ausgestorbenen Australopithecina mit den Gattungen Australopithecus, Paranthropus und Ardipithecus und Hominina mit der einzigen Gattung Homo. Die Stellung der Gattungen Sahelanthropus, Orrorin tugenensis und Kenyanthropus innerhalb der Echten Menschen ist noch ungeklärt.
Extremansätze gehen sogar soweit, den Schimpansen als "Homo troglodytes" in die gleiche Gattung wie den Menschen zu stellen.
Die Einordnung ausgestorbener, nicht den unmittelbaren Menschenvorfahren zuzurechnender Fossilien ist noch schwieriger und umstritten. Während Gigantopithecus und Sivapithecus meist als Verwandte des Orang-Utans gesehen werden, ist die Stellung von Ramapithecus, der manchmal als ident mit Sivapithecus betrachtet wird, ungeklärt. Die Gattungen Oreopithecus und Dryopithecus werden je nach Forscher ebenfalls den Menschenaffen zugerechnet oder in jeweils eigene Familien (Oreopithecidae bzw. Dryopithecidae) eingeordnet.
Der historisch erste Fund eines fossilen Menschenaffen glückte 1820 bei Eppelsheim in Rheinland-Pfalz. Damals wurde der etwa 28 Zentimeter lange Oberschenkelknochen des Menschenaffen Dryopithecus fontani entdeckt. Er lebte im Miozän vor etwa 12 Millionen Jahren am Urrhein und erreichte bei aufgerichteter Körperhaltung eine Höhe von etwa 1,20 Meter. Der aktuell älteste bekannte Menschenaffe ist der Pierolapithecus catalaunicus, ein etwa 13 Millionen Jahre altes Fossil aus Spanien.
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