Kompartimente sind durch Biomembranen abgegrenzte Teilbereiche eukaryotischer Zellen (Eucyten).

Das Cytoplasma ist durch Biomembranen der Organellen in unterschiedliche Reaktionsräume (Kompartimente) gegliedert, in denen auf engstem Raum verschiedene Stoffwechselreaktionen ermöglicht werden. Es entstehen unterschiedliche Mikroumgebungen. Viele der Organellen besitzen solche Biomembranen, aber nicht alle. In den einzelnen Kompartimenten können somit einzelne Vorgänge ablaufen, die sich eigentlich nicht vertragen.

Beispiele für Kompartimente sind der Innenraum des endoplasmatischen Retikulums, das Stroma der Chloroplasten, die Matrix der Mitochondrien, die Vakuole in Pflanzenzellen oder die Innenräume der Thylakoide. Eine spezielle Form ist zudem das Lytische Kompartiment.

Durch die Membranen der unterschiedlichen Kompartimente können außerdem Konzentrationsgradiente aufgebaut werden. Das heißt, dass sich die Konzentrationen gelöster Stoffe (z. B. Ionen wie Kaliumionen oder Calciumionen) auf den beiden Seiten der Membran unterscheiden. Dieses Konzentrationsgefälle kann z. B. von Proteinen genutzt werden um Stoffe zu synthetisieren oder im Austausch gegen Ionen andere Ionen durch die Membran zu transportieren.

Das Vorhandensein von Kompartimenten ermöglicht eine intrazelluläre Arbeitsteilung, durch die eine enorme Differenzierung und Leistungsteigerung der spezialisierten Zelle ermöglicht wird. Kompartimentierung ist somit auf zellulärer Ebene die evolutive Voraussetzung für die Entstehung komplexer, differenzierter Organismen.

Zellbiologie