Kerker (von lat. carcer, Gefängnis) ist die alte Bezeichnung für Strafanstalt. Bis zum Zweiten Weltkrieg war in Deutschland Kerkerhaft verschärfter Freiheintsentzug im Unterschied zu Gefängnis und Zuchthaus. Kerkerhaft wurde insbesondere für militärische Vergehen verhängt.
Der Begriff der Kerkerhaft wird heute noch in Österreich für die Zuchthausstrafe benutzt.
Wenn die Rede vom Mittelalter ist, besteht kein Unterschied zwischen den Begriffen "Kerker" und "Gefängnis". Später wurde "Kerker" dann für die strengere Form der Strafe benutzt.
Der Begriff "Karzer" ist ebenfalls eine Ableitung von lat. carcer, bezeichnet aber den (leichten) Arrest, der bis zum 19. Jahrhundert an Universitäten für Studenten verhängt werden konnte.