Es gibt mehrere Personen mit dem Namen Johannes Müller
- Johannes Müller von Königsberg, (lat.: Regiomontanus) (1436-1476), Astronom und Mathematiker
- Johannes Müller († um 1600), Sekretär und Chronist in Meßkirch, siehe: Zimmerische Chronik
- Johannes Joachim Müller (1661-1733), Jurist in Hamburg; Verfasser von De tribus impostoribus
- Johannes von Müller, (1752-1809) Schweizer Historiker
- Johannes Peter Müller (* 14. Juli 1801 in Koblenz; † 28. April 1858 in Berlin), Mediziner (Physiologe) und Biologe
- Johannes Müller (Statistiker), Sohn von Friedrich August Müller
- Dr. Johannes Müller (Dresden), Oberbürgermeister von Dresden von 1945-1946
- Johannes Müller (CDU) (* 5. August 1905), CDU, MdB von der 4. bis 8. Wahlperiode
- Dr. Johannes Müller (NPD), Mitglied des sächsischen Landtages
- Johannes Müller (Marburg), Oberbürgermeister von Marburg von 1927 - 1933
- Johannes Müller (Elmau) (1864-1949), Theologe, Philosoph und Schriftsteller, Gründer von Schloss Elmau.
- Johannes Müller (Geologe), (*1959), Geologe, Geograph und Botaniker
Siehe auch: Hans Müller