Es gibt mehrere Personen mit dem Namen Johannes Müller

• Johannes Müller von Königsberg, (lat.: Regiomontanus) (1436-1476), Astronom und Mathematiker
• Johannes Müller († um 1600), Sekretär und Chronist in Meßkirch, siehe: Zimmerische Chronik
• Johannes Joachim Müller (1661-1733), Jurist in Hamburg; Verfasser von De tribus impostoribus
• Johannes von Müller, (1752-1809) Schweizer Historiker
• Johannes Peter Müller (* 14. Juli 1801 in Koblenz; † 28. April 1858 in Berlin), Mediziner (Physiologe) und Biologe
• Johannes Müller (Statistiker), Sohn von Friedrich August Müller
• Dr. Johannes Müller (Dresden), Oberbürgermeister von Dresden von 1945-1946
• Johannes Müller (CDU) (* 5. August 1905), CDU, MdB von der 4. bis 8. Wahlperiode
• Dr. Johannes Müller (NPD), Mitglied des sächsischen Landtages
• Johannes Müller (Marburg), Oberbürgermeister von Marburg von 1927 - 1933
• Johannes Müller (Elmau) (1864-1949), Theologe, Philosoph und Schriftsteller, Gründer von Schloss Elmau.
• Johannes Müller (Geologe), (*1959), Geologe, Geograph und Botaniker

Siehe auch: Hans Müller