Eine Genkarte zeigt die lineare Anordnung der Gene im Genom eines Organismus.

Man unterscheidet dabei genetische und physikalische Genkarten.

Obwohl die Anordnung der Gene auf beiden Karten die gleiche ist, gibt es keine universal gültige "Umrechnungsformel" zwischen den beiden Einheiten. Der Grund dafür ist, dass Rekombinationshäufigkeiten je nach Region des Genoms extrem stark variieren.

Um eine vollständige Genkarte zu erhalten, muss die Genomsequenz eines Organismus bekannt sein. Aus dieser lässt sich auch abschätzen, wieviele Gene im Genom enthalten sind.

genetische Karte

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Eine genetische Karte gibt an, wie häufig ein Rekombinationsereignis zwischen zwei Genen zu erwarten ist. Das Maß dafür ist das centiMorgan (siehe dazu auch Kartierung (Genetik)). Genetische Karten wurden bereits vor Jahrzehnten z.B. für die Fruchtfliege erstellt.

physikalische Karte

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Unter einer physikalischen Karte versteht man in der Molekularbiologie die tatsächliche Abfolge der Bausteine (Nukleotide) der DNA, die oft in Kilobasenpaaren (kb) angegeben wird (1 kb = 1000 DNA-"Bausteine").

Eine formale Definition wäre:

Sei S eine DNA-Sequenz. Eine physikalische Karte besteht aus einer Menge von Markern und einer Abbildung $p:\; M\; \backslash mapsto\; \backslash mathbb\{N\}$, die jedem Marker M eine Position in S zuordnet.

Zur Herstellung solcher Karten kommen vielerlei Verfahren zum Einsatz, z.B. die Gewinnung von DNA-Fragmenten durch Restriktionsenzyme mit anschließender Anordnung der Fragmente. Die Anordnung der Fragmente führt zu bekannten bioinformatischen Problemen, z.B. dem Double Digest Problem.

Siehe auch

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Sequenzierte Organismen, DNA-Sequenzierung, Humangenomprojekt

Genetik

Genetic map | Mapa genético