Unter Eva der Mitochondrien (engl. mitochondrial Eve) versteht man diejenige weibliche Vorfahrin der menschlichen Spezies, die aufgrund ihrer mitochondrialen DNA (mtDNA) als gemeinsame Vorfahrin eines Großteils aller heute lebenden Menschen gelten kann. Vergleichende Untersuchungen ergaben, dass die mtDNA eines Großteils aller heutigen Menschen - unabhängig von ihrer Heimat - aus einer Ursprungssequenz hervorgegangen sein könnte. Gemäß der Annahme, dass Nachkommen ihre Mitochondrien nur vom weiblichen Vorfahren bekommen, bedeutet dieses, dass möglicherweise alle lebenden Menschen ihre Abstammung in gerader Linie auf die selbe weibliche Vorfahrin zurückführen können. Berechnungen nach der Methode der molekularen Uhr legen die Vermutung nahe, dass diese Eva der Mitochondrien vor ca. 150.000 Jahren lebte.
Obwohl die mitochondriale Eva nach der biblischen Eva benannt wurde, war sie wohl nicht - wie diese - die einzige Vertreterin ihrer Population. Man nimmt an, dass ca. 20.000 Vertreter ihrer Spezies zum gleichen Zeitpunkt lebten. Aber nur die mitochondriale Eva brachte eine ununterbrochene Linie von weiblichen Nachkommen hervor, die heute noch existiert. Infolgedessen stammt wahrscheinlich das Erbgut in den Mitochondrien aller heutigen Menschen von der MtDNA der mitochondrialen Eva ab. Sie ist damit die einzige weibliche Vertreterin ihrer Generation, deren Nachkommen sich in weiblicher gerader Linie bis heute fortgepflanzt haben.
Wenn das stimmt, ist die Eva der Mitochondrien die zeitlich letzte gemeinsame Ahnin aller lebenden Menschen. Sie ist aber natürlich nicht die einzige Ahnin überhaupt, denn auch ihre Vorfahren wären Urahnen dieser Menschen. Die mitochondriale Eva der momentan lebenden Menschen - also die zeitlich aktuelle - war recht wahrscheinlich sogar nicht identisch mit der mitochondrialen Eva früherer Generationen. Verschiedene Generationen können demzufolge mitochondriale Evas haben, die nicht das selbe Individuum waren.
Zu bemerken ist, dass die mitochondriale Eva nicht unbedingt die zeitlich aktuelle gemeinsame Vorfahrin aller lebenden Menschen ist, jedoch nach momentanen Möglichkeiten die aktuelle bestimmbare. Die Bestimmung aktuellerer gemeinsamer Vorfahren anhand der Zellkern-DNA beispielsweise wäre aufgrund der Kombinationsmöglichkeiten der sexuellen Fortpflanzung äußerst schwierig.
Die Theorie kann ferner nicht komplett verifiziert werden, da dazu die MtDNA aller lebenden Menschen untersucht werden müsste.
Der Titel der "Eva" wird jeweils im Nachhinein verliehen an eine Mutter, deren Töchter, und Töchter der Töchter etc. noch heute lebende Nachkommen haben, während dieses in keiner anderen Erblinie der Fall ist, also alle anderen Erblinien bis auf die der "Eva" "ausgestorben" sind. Der Theorie zufolge müssten überraschenderweise zahlreiche weibliche Erblinien im zur Eva der Mitochondrien gehörenden Zeitraum verschwunden sein. Dieses wäre eher mit Zufall als mit natürlicher Selektion zu bezeichnen - und ist recht unwahrscheinlich.
Eine mögliche Erklärung dafür wäre ein Genetischer Flaschenhals, den die Population durchlaufen haben könnte. Die Population der mitochondrialen Eva könnte ebenfalls alle anderen verdrängt bzw. ersetzt haben; möglich wäre, dass die mitochondriale Eva eine der ersten homo sapiens war.
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