Als Ektomie (aus dem griechischen, "Herausschneiden") wird in der Chirurgie die Entfernung oder Ausräumung eines Organs bezeichnet. Dabei wird für den Ausdruck der Entfernung eines bestimmten Organs der Name des Organs und -ektomie als zusammengesetztes Wort benutzt.
Der Begriff wird bei der Entnahme von Organen auch gleichbedeutend mit dem Begriff Exstirpation (von lat.: exstirpare - herausreißen) verwendet, wobei der Begriff Exstirpation auch für die Entfernung von Gewebeteilen verwendet wird.
Medizinische Indikationen für eine Ektomie/Exstirpation sind vor allem Tumore. Aber auch akute oder chronische Entzündungen (Wurmfortsatz, Mandeln) sowie Geschlechtsumwandlungen oder Herbeiführen einer Sterilität/Kastration (Geschlechtsorgane) können Indikationen sein.