Eine Behörde in der Bundesrepublik Deutschland ist ein Organ eines Verwaltungsträgers, das gegenüber dem Verwaltungsträger berechtigt ist, mit Außenwirkung Aufgaben öffentlicher Verwaltung (insbes. der Erlass von Verwaltungsakten und das Schließen öffentlich-rechtlicher Verträge) wahrzunehmen. Für die Rechtmäßigkeit belastenden behördlichen Handels bedarf der Verwaltungsträger, der durch seine Behörden handelt, einer Eingriffsgrundlage (Gesetzesvorbehalt).
Ob Anforderungen an den Behördenbegriff über die Eigenschaft als Organ eines Verwaltungsträgers hinaus gestellt werden, ist umstritten. Dabei wird der verwaltungsorganisationsrechtliche Behördenbegriff und der verwaltungsverfahrensrechtliche oder funktionale Behördenbegriff unterschieden.
Dem Verwaltungsverfahrensgesetz (VwVfG) liegt dieser weite Behördenbegriff zugrunde. §1 Abs.4 VwVfG bestimmt, dass alle Stellen, die Aufgaben der öffentlichen Verwaltung wahrnehmen, Behörden sind. Dabei ist "Stelle" als organisatorische Einheit, i. e. als dauerhaft angelegte Zusammenfassung von Personal- und Sachmitteln, also als Organ, zu verstehen.
Der organsiationsrechtliche Behördenbegriff begreift eine Behörde als Organ eines Verwaltungsträgers, der in Bezug auf andere Organe desselben Verwaltungsträgers in einem Hierarchieverhältnis steht. Dazu müssen mehrere Organe eines Verwaltungsträgers sachlich für das selbe Gebiet zuständig sein, jedoch zueinander in einem Ober- und Unterordungsverhältnis stehen (z.B. Innenministerium, Regierungspräsidien und Landratsämter). Sind alle Organe desselben Verwaltungsträgers sachlich für unterschiedliche Bereiche zuständig, stellen diese keine Behörden im organisationsrechtlichen Sinn dar (z.B. Erster Bürgermeister, Gemeinderat).
Der Behördenbegriff des VwVfG ist weiter gefasst als der verwaltungsorganisationsrechtliche; alle Behörden im verwaltungsorganisationsrechtlichen Sinne sind auch Behörden im verwaltungsverfahrensrechtlichen Sinne, nicht jedoch umgekehrt.
Behörden treten gegenüber dem Bürger im eigenen Namen auf, obwohl ihr Verwaltungsträger durch sie handelt. Sie führen dabei zumeist ein Wappen, das auch im Dienstsiegel visualisiert wird. Behörden des Bundes führen den Bundesadler, Behörden des Landes das jeweilige Landeswappen und Gemeindebehörden die Gemeindeinsignien.
Die Abgrenzung einer Behörde zu einer Nicht-Behörde kann dann schwierig werden, wenn die öffentliche Hand wirtschaftliche Aufgaben übernimmt (Beispiel: Stadtwerke XY als Energieversorger), oder wenn (gleichsam als Spiegelbild der ersten Alternative) typischerweise öffentliche Aufgaben durch Private erfüllt werden (Beispiel: Privatisierung der Abfallentsorgung/ - verwertung). Dann ist die Frage, ob es sich um eine Behörde handelt, häufig eine der Rechtsstellung der Institution, in der öffentlichen Wahrnehmung auch eine Frage des Verhaltens der Mitarbeiter.
Bundes- und Landesbehörden haben eine sehr ähnliche Struktur. Sie unterscheidet sich - insbesondere in den Bezeichnungen - deutlich von kommunalen Behörden. Deshalb werden diese getrennt dargestellt.
Generell gilt, dass die Zuständigkeiten und Verantwortlichkeiten sowie die wesentlichen Arbeitsabläufe durch Gesetz, Verordnung, Erlass, Satzung, Geschäftsordnung oder anderweitig eindeutig und nachvollziehbar festgelegt sind. Neben den in Gesetzen und Verordnungen niedergelegten und damit einklagbaren Rechten der Bürger unterliegen die Behördenentscheidungen grundsätzlich einer rechtlichen Überprüfung (Verwaltungsgerichtsbarkeit).
Die internen Abläufe sind hingegen nicht einklagbar, unterliegen aber der Dienstaufsicht und können ggf. mit einer Dienstaufsichtsbeschwerde belegt werden. Eine Klagbarkeit kann sich aus inneren Abläufen jedoch ergeben, wenn es dadurch zu einer Selbstbindung der Verwaltung kommt, ein Abweichen von einer Verwaltungspraxis demnach den allgemeinen Gleichheitssatz aus Art. 3 Abs. 1 GG verletzten würde.
Wegen der föderalen Struktur gibt es praktisch zu allem irgendwo auch Ausnahmen. Die folgenden Texte stellen daher den üblichen Fall dar. Im Einzelfall kann es Abweichungen geben.
Die tragenden Organisationseinheiten der Bundes- und Landesbehörden sind die Referate oder Dezernate. Mehrere Referate werden zu einer Abteilung, ggf. auch zu einer Unterabteilung oder Gruppe zusammengefasst.
Die Bundes- und Landesbehörden führen die Gesetze des Bundes bzw. ihres Landes aus. (Siehe jedoch auch: Auftragsverwaltung). Da die Länder die eigentlich konstituierenden Elemente der Bundesrepublik Deutschland sind, handeln diese selbständig im Rahmen ihrer Bundes- und Landesverwaltung nur unter der Aufsicht ihrer Regierung und diese des jeweiligen Parlaments sowie unter der Überprüfung durch Gerichte.
Bei im allgemeinen großen Verwaltungen heißen die einzelnen Behörden oft Amt, z. B. Finanzamt oder Forstamt.
Zentrale Behörde im kommunalen Bereich ist auf örtlicher Ebene der Bürgermeister, bei den Landkreisen der Landrat. Die von ihnen geleiteten Organisationseinheiten der Kommunalverwaltungen heißen traditionell Ämter. Mehrere Ämter werden in Dezernaten oder Referaten zusammengefasst. In der Kommunalverwaltung ist eine Abteilung eine Untergliederung eines Amtes. Ein Abteilungsleiter einer Kommunalbehörde entspricht so eher einem Gruppenleiter der freien Wirtschaft, also einer Führungskraft mit sehr eingeschränkter Kompetenz. Im Gegensatz dazu ist der Abteilungsleiter einer Bundesbehörde (siehe weiter oben) eine sehr mächtige Persönlichkeit, die in der freien Wirtschaft eher einem Direktor entspricht. Bei größeren Abteilungen der Kommunalbehörden werden Funktionsgruppen gebildet. Diesen steht ein Gruppenleiter vor. Je nach Zuschnitt und Größe der Behörde werden Abteilungen und Funktionsgruppen heute vielfach auch als "Team" bezeichnet. Mit der Einführung des sog. Neuen Steuerungsmodells seit den neunziger Jahren des letzten Jahrhunderts wurden vielfach die Bezeichnungen der Organisationseinheiten geändert, aus Ämtern wurden auf diese Weise Fachbereiche.
Kommunen werden bei ihrer Tätigkeit von der Kommunalaufsicht überwacht. Kommunalaufsichtsbehörden sind deren übergeordnete Behörden (Landrat, Regierungspräsident, Innenminister). Dies bedeutet, dass Entscheidungen von Kommunalbehörden grundsätzlich auch von der Aufsichtsbehörde aufgehoben werden können, in vielen Fällen wird deren vorhergehende Genehmigung erfordert. Die Kommunalaufsicht ist hierarchisch geordnet und liegt für kleinere Gemeinden üblicherweise beim (Land-)Kreis, für diese häufig bei der Bezirksregierung. Höchste Instanz der Kommunalaufsicht ist üblicherweise der Innenminister des Landes.
Behörden sind auch im kirchlichen Bereich anzutreffen, sog. Konsistorien
Verwaltungsvorgänge haben im allgemeinen sehr strenge Bezeichnungen. So gibt es beispielsweise folgende festgelegte Bezeichnungen:
Beispiel: Nach einem Einbruch ins Finanzamt schreibt der Polizeirevierleiter einen Bericht an den Polizeipräsidenten, er richtet ein Schreiben an das Finanzamt und eine Anordnung an seine ihm untergebenen Polizeibeamten.