Als Basalganglien (Ez.: Basalganglion) werden einige Kerne des Gehirns zusammengefasst, die vor allem für die Modulation von Bewegungen, hauptsächlich die der Grobmotorik, von Bedeutung sind. Im Zusammenspiel mit dem Kleinhirn sind die Basalganglien u.a. an der Planung von Bewegung beteiligt. Sie bilden einen wesentlichen Bestandteil des Extrapyramidalmotorischen Systems und liegen in der Tiefe der Großhirnhemisphären.
Von einigen Autoren werden alle subkortikalen (in der Tiefe der Großhirnrinde liegenden) Kerne als Basalganglien zusammengefasst, also beispielsweise auch Nucleus accumbens, Claustrum und Corpus amygdaloideum. Andere bezeichnen diese Kerngruppierung als Stammganglien.
Die letzte "Entscheidungsstation" vor der Verschaltung zum Thalamus ist der mediale (innen liegende) Pallidumbereich. Dieser hemmt bei Aktivierung den Thalamus über GABAerge-Neurone (GABA ist ein hemmender Neurotransmitter), wodurch der Bewegungsentwurf nicht ausgeführt wird.
Der Bewegungsentwurf wird als "Parallelschaltung" von der prämotorischen Rinde zum Striatum projiziert. Dieses hat zwei Anteile, einen motorikhemmenden und einen motorikfördernden Teil.
Wird das laterale Pallidumsegment gehemmt, so hemmt es nicht den nächsten Teil der Schleife, den Nucleus subthalamicus. Dieser hat eine gewisse Eigenaktivität und erregt wiederum das mediale Pallidumsegment. Dieses hemmt hierauf den Thalamus und die Bewegung findet nicht statt.
Die Substantia nigra schüttet bei einer Hemmung kein Dopamin aus, welches modulierend auf den motorikhemmenden Anteil wirkt (Siehe auch nächster Abschnitt).
Beim Morbus Parkinson kann die Substantia nigra nicht mehr modulierend auf den motorikhemmenden Anteil einwirken. Wenn die Substantia nigra Dopamin ausschüttet, hemmt dieses das motorikhemmende Striatum. Der ehemals motorikhemmende Weg verändert sich dadurch folgendermaßen: Das laterale Pallidum wird nicht mehr gehemmt und kann dadurch seine Eigenaktivität entwickeln, was zu einer Hemmung des Nucleus subthalamicus führt. Dieser fördert nicht mehr das mediale Pallidum und dieses hemmt nicht mehr den Thalamus. Die Akinese der Parkinson-Patienten soll auf diesem Mechanismus beruhen.
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