Als Bakterienchromosom wird das Genom eines Bakteriums bezeichnet, das kein Chromosom im eigentlichen Sinne, sondern ein meistens ringförmig geschlossenes DNA-Molekül ist. Es kann in nur einer, meistens aber einigen Kopien frei im Cytoplasma bzw. im Nucleoid (Kernäquivalent) vorliegen.

Inzwischen ist bekannt, dass das Chromosom der Bakterien nicht als strukturloser Faden ausgebildet ist, sondern mit Proteinen assoziiert und auch räumlich strukturiert ist.

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