Mae Afon Cefni yn un o'r afonydd pwysicaf ar Ynys Môn.

Mae Afon Cefni yn tarddu i'r gogledd o bentref Bodffordd yng nghanol yr ynys, a gerllaw Bodffordd mae'n llifo i mewn i Lyn Cefni, cronfa a ffurfiwyd trwy adeiladu argae ar draws yr afon. Wedi gadael y llyn, mae yr afon yn llifo tua'r de-ddwyrain i gyfeiriad Llangefni, lle mae'n llifo trwy ganol y dref. Mae wedyn yn troi tua'r gorllewin ac yn llifo odditan ffordd yr A55 cyn llifo trwy Gors Ddyga. Ym mhentref Malltraeth mae'n pasio trwy lifddorau yn rhan ogleddol y cob i gyrraedd y môr.